Příběh Call of Duty: Modern Warfare 2 je mnohem více opředený tajemstvím než předchozí díl. Úmysly hlavního padoucha Makarova nebudou známy téměř do konce hry. Přesně jako v reálu tedy budete často posíláni na místo určení bez valných informací, případně s úplně zkreslenou představou a až na místě vám dojde skutečná realita. Potěšující zprávou je, že se z prvního dílu vrací celá řada postav, v čele s kapitánem MacTavishem aka Soapem. Pronikání do hry je tak o poznání příjemnější.