Hra Sniper Elite 3, která se více soustředí na možnosti hráče a rozsáhlá prostředí plná příležitostí pro různé herní styly a která je zasazena do exotické, ale přesto smrtící krajiny severní Afriky během druhé světové války, sleduje zvláštního amerického agenta Karla Fairburna, jenž se ocitl hluboko v nacistickém území a využívá svých klíčových ostrostřeleckých dovedností, zatímco spojenci bojují s obávanými německými tanky Tiger napříč Západní pouští.

Nejsou to ale jen proslulé Afrika Korps, které budou Karlovi dělat starosti. Brzy odhalí německé plány vyvinout “wunderwaffe” – zázračnou zbraň – tak mocnou, že by dokázala rozdrtit veškerá spojenecká vojska a zvrátit průběh celé války.